Aparenta ter uma força física enorme. Por ter afinidade com o chakra de terra, tem a capacidade de endurecer muito seu corpo, o que faz com que seja resistente e aplique golpes poderosos. Além disso, parece possuir dentro de si uma rede de fios, que faz com que estique seus braços há grandes distâncias. Mas seu real poder é demonstrado quando Kakuzu tira seu manto.

Possui, costurado em suas costas por seus fios, 4 estranhas máscaras. Quando as libera, Kakuzu é capaz de ordenar que elas ataques sozinhas ou em conjunto, cada uma utilizando um tipo de chakra - Fogo, Raio, Vento ou Água. Isso é possível pelo fato de Kakuzu ter 5 corações - um para cada máscara, e uma para sí próprio. Retirando o coração de ninjas fortes, ele é capaz de repor suas energias e continuar utilizando de suas máscaras e continuar vivo. Logo, é preciso matá-lo 5 vezes.

Foi mandado pela Akatsuki para capturar o jinchuuriki do Nibi, o Bijuu de duas caudas. Eles perseguem a garota que o tem, mas caem na armadilha dela. Ela libera o poder do Bijuu, e luta contra os dois, após dizer seu nome, Yugito, do Vilarejo da Nuvem. Ela é derrotada. Kakuzu quer apressar o que eles têm que fazer, mas Hidan está fazendo um ritual religioso que demorou meia hora.

Vendo na programação deles, percebe que o próximo Bijuu está no País do Fogo. Zetsu chega, e leva Yugito com ele. Seguindo até o Templo do Fogo, achando que o Jinchuuriki está lá, encontram um monge que é um dos Doze Guerreiros que protegem o Lorde Feudal do País do Fogo, Chiriku. Derrota-o, destruindo todo o templo, descobrindo que o Bijuu não estava lá. Kakuzu pega Chiriku e vai tentar a recompensa na cabeça dele. Ao chegar no local escondido, Hidan decide ir para fora. Kakuzu pega o dinheiro, e o negociador avisa que Hidan não quer dinheiro, e isso pode ser um problema para eles.

Ao sairem encontram Sarutobi Asuma, Shikamaru, Izumo e Kotetsu, Kakuzu quer lutar mas Hidan fala que pode derrota-los sozinhos. Hidan consegue amaldiçoar Asuma através de seu Jujutsu - Shijihyouketsu e quando ia executar-lo, Shikamaru consegue quebrar o jutsu e Asuma arranca a cabeça de Hidan, porém Kakuzu revela que Hidan ainda está vivo, costura a cabeça do parceiro que acaba matando Asuma, Kakuzu quando estava para matar os outros foi impedido por Ino, Chouji e outros jounins que apareceram para ajudar, seu líder dá uma ordem e ambos se retiram do local para extrairem o bijuu de duas caudas, ao terminarem partem para konoha para exterminar seus inimigos, Deidara alerta sobre Naruto e sua força mas Hidan o subestima.

Ao sairem são emboscados por Shikamaru que os captura, porém Kakuzu se liberta e começa a lutar com Kakashi que também estava no local. Kakashi atravessa o coração de Kakuzu com seu Raikiri porem o ninja se levanta e revela que possui cinco corações além de mostrar afinidade com todos os tipos de elementos. Kakuzu quase mata Kakashi que se salva quando Hidan acidentalmente mata Kakuzu, o religioso lutava com Shikamaru e ao achar que havia pego um pouco de seu sangue, mas, na verdade, havia pego o sangue do próprio parceiro, que estava em uma capsula e foi coletado quando Kakashi atravessou Kakuzu com seu ataque.

Ao morrer pela segunda vez Kakuzu incorporou as duas máscaras e atingiu uma segunda forma, onde ficava maior e tinha fios negros saindo por todo o corpo, que os prendeu, e ao tentar matar Kakashi, Ino e Chouji com um golpe combinado foi impedido por Naruto e Yamato, que chegavam junto com Sai e Sakura. Kakashi mandou que Sai e Sakura se juntassem a Shikamaru que enfrentava Hidan em outro local enquanto Naruto enfrentava Kakuzu sozinho. Com seu novo jutsu o Fuuton - Rasen Shuriken, evolução do rasengan, Naruto achava que podia derrotar Kakuzu, porem na hora em que ia atingi-lo o efeito do jutsu acabou e Naruto teve de ser salvo por Kakashi e Yamato. Ino observou que Naruto não havia mudado apesar de tudo. Naruto pede que deixem ele lutar com Kakuzu de novo, pois quer superar a barreira existente entre ele e Sasuke, Kakashi permite. Kakuzu muda novamente de forma para se preparar pro jutsu atingindo adquirindo uma forma ainda maior e com mais fios negros. Ao enganar Kakuzu com seu Kage Bunshin no Jutsu, Naruto consegue acertar seu novo jutsu em Kakuzu o explodindo e acabando de uma vez com 2 corações e quase o último. Todos ficam impressionados com a força de Naruto e Kakashi revela que nem com o Sharingan conseguiu acompanhar o jutsu de Naruto que cai exausto após atingir o inimigo. Depois Kakashi vai aonde Kakuzu caiu e este não entende como pôde ser derrotado por pessoas que considerava "moleques" e então Kakashi diz que a próxima geração superara a velha e assim mata Kakuzu com o Raikiri.

Apos ser morto o corpo de kakuzu foi levado para konoha para passar por uma autopsia onde Tsunade teria feito e dito que Kakuzu na realidade não possuia nenhuma célula que seja dele próprio.